近日，东北农业大学动物科学技术学院“农业农村部鸡遗传育种重点实验室（东北农业大学）”在国际学术期刊Nature Communications（中科院1区期刊，影响因子14.7）上发表了题为“Integrative 3D genomics with multi-omics analysis and functional validation of genetic regulatory mechanisms of abdominal fat deposition in chickens”的研究性论文，该研究从三维基因组角度揭示了肉鸡腹部脂肪沉积的遗传调控机制。

鸡作为最重要的家养动物之一，其腹脂沉积一直是家禽育种领域关注的核心问题。过度的腹脂不仅影响肉鸡饲料转化效率，降低种鸡繁殖性能，影响肉质，还会增加死亡率，给养鸡业带来巨大的经济损失。然而，肉鸡腹脂性状是典型的数量性状，受微效多基因调控，其调控机制非常复杂。国内外学者基于SNP芯片和二代测序等高通量基因分型技术，通过全基因组关联研究（GWAS）等方法已经获得了一批与肉鸡腹脂性状表型变异具有统计学关联的基因组变异，但是其影响表型变异的作用机制大部分仍是未知的“黑箱”。

农业农村部鸡遗传育种重点实验室（东北农业大学）聚焦“基因组变异影响染色质空间构象，进而调控基因转录”这一核心科学问题，将染色质空间构象作为连接基因组变异与转录调控的纽带，从三维基因组角度鉴定影响肉鸡腹脂沉积的关键基因组变异并解析其具体调控机制。该项研究通过整合表型、基因组、表观组、三维基因组、转录组等多组学数据，全面绘制了与肉鸡脂肪性状相关的功能变异、顺式调控元件、转录因子、三维基因组结构及目标基因的三维调控网络，从而解析了基因组变异调控基因转录最终影响肉鸡腹脂沉积的具体机制。此外，该研究以rs734209466变异位点为例，阐述了基因组变异如何通过改变染色质的三维构象，影响目标基因的转录，最终影响肉鸡腹脂沉积。

该研究成果鉴定和明确的影响肉鸡腹脂沉积的关键基因组变异及其调控脂肪沉积的分子机制将为深入解析肉鸡脂肪组织生长发育的机理提供重要的信息，为相关研究提供宝贵的证据；同时，该研究鉴定出的关键基因组变异具有潜在的育种价值，可为肉鸡腹脂性状的分子育种提供重要的靶点。

东北农业大学为该论文的唯一署名单位，张慧教授和李辉教授为通讯作者，博士研究生申林用、讲师白雪、硕士研究生赵莉茹为第一作者。该工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、科技创新2030—重大项目和国家肉鸡产业技术体系等项目资助。

通讯作者简介：

张慧，教授，博士生导师，家禽遗传育种方向。农业农村部“神农英才”。现任农业农村部鸡遗传育种重点实验室（东北农业大学）主任，国家肉鸡产业技术体系岗位专家，黑龙江省现代农业产业技术协同创新推广体系（禽类体系）首席专家。主持国家自然科学基金面上项目和青年项目、国家现代农业产业技术体系建设专项、十四五国家重点研发计划子课题等各类科研项目19项。研究成果发表SCI论文50余篇；授权国家发明专利10件；获得软件著作权2件。

李辉，二级教授，博士生导师，家禽遗传育种方向。带领团队创建农业农村部鸡遗传育种重点实验室（东北农业大学），育成东北农业大学快大型白羽肉鸡高、低腹脂双向选择品系。现任国家肉鸡遗传改良计划专家组成员，国务院学位委员会畜牧学科评议组成员。先后主持国家高技术研究发展计划（863计划）项目、国家自然科学基金重点项目、国家农业重大科技项目课题、国家十四五重点研发项目课题、国家现代农业产业技术体系建设专项等各类科研项目30余项。以第一作者、通讯作者身份在中文、英文期刊上发表论文240余篇。

第一作者简介：

申林用，2021级在读博士研究生，东北农业大学动物科学技术学院动物遗传育种与繁殖专业，导师张慧教授。硕博期间共发表SCI论文7篇；申请国家发明专利3件，授权1件；获得软件著作权2件；获得研究生国家奖学金、一等博士研究生学业奖学金等各类奖学金助学金7项；曾被评为东北农业大学优秀研究生。

白雪，博士，讲师，生物信息学方向。主要研究内容是通过生物信息学分析方法筛选、鉴定影响肉鸡体脂性状的重要候选基因和分子标记，解析鸡体脂性状形成的分子机理。主持国家青年科学基金项目、十四五国家重点研发计划青年科学家项目子课题、黑龙江省博士后面上项目等各类项目4项；发表SCI论文6篇；申请国家发明专利1件。

赵莉茹，2022级在读硕士研究生，东北农业大学动物科学技术学院动物遗传育种与繁殖专业，导师张慧教授。发表SCI论文1篇；申请国家发明专利1件；获得软件著作权2件。

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-53692-6